有機肥原材料在發酵前需要進行預處理，預處理的設備包括以下幾種：
1、固液分離機（畜禽糞便脫水機）部分養殖場的糞便，由于含水量過大，根本沒法直接利用。需要用固液分離機將糞便脫水后，進行發酵處理，。主機(脫水機)電機功率5.5千瓦(帶減速機)，吸漿泵電機功率4千瓦。每小時處理混合液:20方，雞糞固形物15，得擠壓后雞糞6方，牛糞固形物40，得牛糞8方。含電機、水管、泵、脫水機、電控機，價格一般在3萬元以內。
有機肥料的生產是一個廢物利用的過程，固液分離機一般含有擠壓主電機和液下輸送電機，處理量較大的固液分離機每小時耗電10千瓦左右。為發酵原料投入了些許能耗、人工和設備維護成本，這就是固液分離機沒有大量普及的根本原因。由于液態糞便利用價值相對不大，加之需要消耗一些電能(300毫米擠壓倉直徑的固液分離機每小時耗電理論9千瓦)，因此，很多企業購置此項設備后，有時并未使用。
2、真空抽糞車， 以農作物秸稈等粗纖維類原料為主料發酵制作有機肥料時。需要在其上加入粗蛋白營養成分。此時，可用真空抽糞車將含水量較高的人畜糞便抽入車內，釋放到主料中，以增加有機肥料或者育苗基質的養分含量，促進粗纖維快速腐爛。價格一般2--4萬元。
3、鏟車和機動運輸車，糞便等適宜生產生態有機肥料的原料產生后，需要機動車輛將直接發酵或者可以調配發酵的原料運輸到發酵場所進行發酵處理。用鏟車裝載發酵原料速度較快，一般幾鏟就可以裝一車，裝車后，由運輸車將原料直接運往發酵場地。如果發酵原料和發酵場地在一起，機動車就可以不用，直接用鏟車堆成條垛，加入菌種發酵了。
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